R on jupyter notebookインストールメモ
Jupyter NotebookでRを使う方法については、既に多くの識者が書かれていて、例えば
RをJupyter Notebookで使う - 不動産取引価格情報活用小委員会を参考にインストールして使っていました。手順を簡単に書くと、jupyter notebookが使える前提で、R（コマンドライン）上でIRkernelをインストールします：
install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools', 'uuid', 'digest'))
install.packages('IRkernel')
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
IRkernel::installspec()
ところが、しばらく使ってなかったらjupyterでRがbat kernelになったのでインストールし直したところ、devtoolのインストール時にgitとの連携で引っかかるところがあったので、メモを残します。
プラットフォームはMacBook Pro、MacOS 11.6または10.15.7、Xcodeのコマンドラインツールインストール済、jupyter notebookはpyenvをhomebrewでインストール後、pipでpython3とライブラリをインストールしています。rもhomebrewでインストールしています。
rのコマンドラインからlibraryを更新した後、上記手順の１行目でlibrary群をインストールしようとしたところ、次のエラーでdevtoolsのインストールに失敗しました。
Configuration failed to find libgit2 library. Try installing:
* deb: libgit2-dev (Debian, Ubuntu, etc)
* rpm: libgit2-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
If libgit2 is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libgit2.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
-------------------------- [ERROR MESSAGE] ---------------------------
<stdin>:1:10: fatal error: 'git2.h' file not found
#include <git2.h>
^~~~~~~~
1 error generated.
libgit2、Rで検索するとgit2rというlibraryに入っていることがわかるので、git2rをインストールします。
install.packages("git2r") これでは同じエラーが出ました。エラーメッセージに書いてある通り、homebrewからlibgit2をインストール後に再度
install.packages("devtools")
今度は成功。IRkernel::installspec()まで順調に進み、jupyter notebookを再起動すると、RのKernelが使えるようになりました。以上です。
